Je nach der Anzahl der zu genehmigenden Tierplätze ist der Stallbau in einem baurechtlichen Verfahren oder in einem Verfahren nach dem Bundesimmissionsschutzgesetz zu genehmigen. Das immissionsschutzrechtliche Verfahren unterscheidet sich wiederum zwischen einem förmlichen Verfahren, welches die Öffentlichkeit beteiligt, und einem vereinfachten Verfahren. Die entsprechenden Anlagegrößen werden in der „vierten Verordnung zur Durchführung des Bundes-Immissionsschutzgesetzes“ (4. BImSchV, 2007) genannt. Die Genehmigungsfähigkeit einer Anlage nach Baurecht ist abhängig von Einhaltung baurechtlicher Vorschriften, des Immissions-, des Natur-, der Belange des Arbeitsschutzes sowie des Düngerechts.

Die zur Genehmigung stehende Anlage muss die Vorgaben für Immissionswerte unter anderem der Technischen Anleitung zur Reinhaltung der Luft (TA-Luft), der  Technischen Anleitung zum Schutz gegen Lärm (TA-Lärm) und der Geruchsimmissionsrichtlinie (GIRL) einhalten. Angaben zum vorsorgeorientierten Abstand zur nächsten vorhandenen oder in einem Bebauungsplan festgesetzten Wohnbebauung werden in der TA Luft geregelt.

Ebenso gilt die Geruchsimmissions-Richtlinie (GIRL). Sie dient der Beurteilung von Geruchsimmissionen, enthält allerdings keine allgemein verbindliche Bestimmung der Grenze, ab wann Gerüche eine schädliche Umwelteinwirkung darstellen. Wenn die Nachbarschaftssituation es erfordert, ist auch die Staubbelastung zu prüfen, nicht zuletzt, weil z. B. Keime und Bakterien (Bioaerosole) staubgebunden übertragen werden. Für Staub sind Immissionswerte bereits vorgegeben. Liegt eine standortspezifische Geruchsausbreitungsrechnung vor, kann die Behörde beschließen, dass die Mindestabstände aus der TA Luft unterschritten werden können.

In einigen Fällen ist in Abhängigkeit von der Anzahl der Tierplätze eine sogenannte Umweltverträglichkeitsprüfung (UVPG) durchzuführen, in der die „Auswirkungen auf die Umwelt frühzeitig und umfassend ermittelt, beschrieben und bewertet werden“. Hierbei handelt es sich um eine zusätzliche Untersuchung über die Auswirkungen der Anlage auf die Schutzgüter sowie auf Menschen, Tiere, Pflanzen, Boden, Wasser, Luft, Klima, Landschaft, Kulturgüter und sonstige Sachgüter. Aber auch die Wechselwirkungen zwischen den vorgenannten Schutzgütern wird hier beachtet.